Ο Σωτήρης Νίνης γεννήθηκε στις 3 Απριλίου 1990 και ξεκίνησε την ποδοσφαιρική καριέρα του, από τον Παναθηναϊκό. Σε ηλικία μόλις 16 ετών, 9 μηνών και 4 ημερών πραγματοποίησε το επαγγελματικό ντεμπούτο του, με αντίπαλο το Αιγάλεω, ενώ στο διάστημα που ακολούθησε, έγινε ο νεότερος ποδοσφαιριστής που σκοράρει σε αγώνα της Α’ Εθνικής κι ο νεότερος που αγωνίζεται σε ευρωπαϊκή διοργάνωση.

Λίγες εβδομάδες μετά από την ενηλικίωσή του, έκανε ντεμπούτο με την Εθνική Ανδρών -είχε προηγηθεί η παρουσία στον τελικό του Ευρωπαϊκού Νέων με την Εθνική, διοργάνωση στην οποία αναδείχθηκε πολυτιμότερος παίκτης.

Με τον Παναθηναϊκό κατέκτησε το νταμπλ το 2010, πριν εξαργυρώσει τις σπουδαίες εμφανίσεις που πραγματοποίησε με μεταγραφή στον ιστορικό σύλλογο της Πάρμα στην Ιταλία το 2012. Εκεί έμεινε για ένα χρόνο, καταγράφοντας 15 συμμετοχές σε όλες τις διοργανώσεις. Ακολούθως, επέστρεψε στην Ελλάδα με τη μορφή δανεισμού στον ΠΑΟΚ (23 συμμετοχές).

Τον Ιανουάριο του 2015 ξεκίνησε η δεύτερη θητεία του Σωτήρη Νίνη στον Παναθηναϊκό, η οποία κράτησε ένα χρόνο. Το κεφάλαιο του Παναθηναϊκού ολοκληρώθηκε για εκείνον τις πρώτες ημέρες του 2016, με συνολικό απολογισμό τις 173 συμμετοχές, τα 17 γκολ, τις 28 ασίστ σε όλες τις διοργανώσεις -στις δύο θητείες του.

Μετά από το δεύτερο πέρασμα από τον Παναθηναϊκό αγωνίστηκε στο Βέλγιο με τη Σαρλερουά (27 συμμετοχές με 4 γκολ και 7 ασίστ) και τη Μαλίν (2 συμμετοχές), από την οποία αποχώρησε το 2017. Εν συνεχεία αγωνίστηκε στο Ισραήλ με τη φανέλα της Πέταχ Τίκβα (7 συμμετοχές) και της Ασκελόν (22 συμμετοχές με 4 γκολ και 9 ασίστ).

Το καλοκαίρι του 2020 επέστρεψε στην Ελλάδα για λογαριασμού του Βόλου, στον οποίο έμεινε για δύο χρόνια, με απολογισμό τις 47 συμμετοχές, το 1 γκολ και τις 6 ασίστ, ενώ την περσινή αγωνιστική περίοδο βρέθηκε στον ΠΑΣ Γιάννινα, με τον οποίο είχε 8 συμμετοχές στη Stoiximan Super League.

Στο σύνολο της καριέρας του, ο Σωτήρης Νίνης μετράει 187 συμμετοχές στη Stoiximan Super League και 29 συμμετοχές στο Κύπελλο Ελλάδας. Επίσης, έχει 35 συμμετοχές σε Champions League και Europa League με τον Παναθηναϊκό και τον ΠΑΟΚ.

Με το εθνόσημο στο στήθος, έχει αγωνιστεί 33 φορές με την Ανδρών, συμμετέχοντας τόσο στο Mundial 2010 όσο και στο Euro 2012, ενώ έχει επίσης 13 συμμετοχές στη Νέων και 8 συμμετοχές στην Ελπίδων.