Γεννημένος στις 19 Νοεμβρίου 1991 στη Γαλλία, ο Φαμπιάν Αντούνες ξεκίνησε την καριέρα του από την Ντρανσί, πριν μετακομίσει στη Ρεντ Σταρ. Ακολούθως αγωνίστηκε στο Βέλγιο με Βιρτόν, Οστάνδη, Σιντ Τρούιντενς και Βέστερλο.

Το καλοκαίρι του 2021 μετακόμισε στην Ελλάδα για λογαριασμό του Παναιτωλικού, στον οποίο συνεργάστηκε με τον Γιάννη Αναστασίου, ενώ πέρσι φόρεσε τη φανέλα του Ιωνικού.

Στα δύο χρόνια που αγωνίστηκε στην Ελλάδα, ο Φαμπιάν Αντούνες κατέγραψε 46 συμμετοχές στη Stoiximan Super League και 6 συμμετοχές στο Κύπελλο Ελλάδας Novibet.